‘n Kerk in die ware sin van die woord – dit is wat die Afrikaanse Protestantse Kerk wil  wees. Daaronder verstaan ons ‘n gemeenskap van mense wat dieselfde geloof het, in liefde wil saamstaan en mekaar ondersteun om daardie geloof al sterker te laat groei. Dit is die geloof in die enig-ware God, die Drie-enige wat Hom in sy Woord openbaar het en in Christus Jesus voortgaan om sy goeie skepping, wat deur die historiese val in Adam in sonde en ellende gedompel is, handelend en kragdadig onder leiding van die Heilige Gees te herskep totdat dit in die wederkoms van Christus voltooi sal wees. As sodanig wil die AP Kerk in sy eie tyd en kultuursituasie, en na sy eie roeping, ‘n openbaring van die tydomspannende Liggaam van Christus wees aan die hand van die gereformeerde belydenis en kerkregering. 

Om sy roeping te vervul, vra doelgerigte gehoorsaamheid van die kerk. Om dit te doen, wil die AP Kerk met Christus op pad wees die toekoms in. Dit beteken nie dat die Kerk van Christus se aard en roeping met die wisseling van die tydsomstandighede verander nie, maar dat dié Kerk in die besonder daarop toegespits wil wees om sy eie tyd se probleme daadwerklik en doelgerig, in die lig van die Woord, aan die man te bring, Skriftuurlik te beantwoord en te help om die toekoms in geloof in te gaan.

Die “geloofsisteem” aan die hand waarvan die lewe vandag verstaan en ingerig word, is die humanisme. Die AP Kerk het sedert sy ontstaan hierteen standpunt ingeneem terwyl vele hoofstroom kerke al meer toegeeflik teenoor die humanisme geraak het. Sodoende werk kerke mee aan die proses van die sekularisering van die samelewing, terwyl in ons dag die waarheid gerelativeer word as sou dit bloot die tydgebonde gesigspunte van bepaalde groepe en individue verteenwoordig, met die hoop en verwagting dat die vermenging van standpunte en kultuureiendomlikes tot ‘n nuwe oorkoepelende eenheid sal groei. Hierop wil die AP Kerk ‘n antwoord bied, deur vanuit die waarheid van die Woord, kerk te wees wat dinamies sy roeping vervul. 

Hierdie Kerk het sy bakermat te midde van die Afrikaner as kultuurgroep. Hoewel hy sy getuienistaak as lewens- en wêreldomvattend sien, vind hy sy organisatoriese bedding hier omdat hy glo dat ‘n kerk sy taak op sy effektiefste volvoer deur inheems te wees.